HEKS unterstützt in über 30 Ländern auf vier Kontinenten Projekte der Entwicklungszusammenarbeit zur Bekämpfung von Armut und Ungerechtigkeit und setzt sich für ein Leben in Würde für alle Menschen ein.  Gleichzeitig wirkt HEKS mit seiner entwicklungspolitischen Arbeit auf einen systemischen Wandel hin ­– in der Schweiz und weltweit. HEKS leistet weltweit humanitäre Hilfe für die Opfer von Naturkatastrophen und kriegerischen Konflikten und unterstützt die kirchlich-diakonische Arbeit in Osteuropa und im Nahen Osten. In seiner Programmarbeit in der Schweiz setzt sich HEKS für die Rechte und Anliegen von Flüchtlingen und sozial benachteiligten Menschen ein. In seinen weltweiten Projekten wie auch bei seiner Sensibilisierungsarbeit zu entwicklungs- und gesellschaftspolitischen Themen in der Schweiz fokussiert HEKS auf die vier Schwerpunkte Klimagerechtigkeit, Recht auf Land und Nahrung, Flucht und Migration sowie Integration.