Die Motorfahrzeug-Prüfstation ist eine selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit. Sie steht im gemeinsamen Eigentum der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft.

Die Motorfahrzeug-Prüfstation wird nach kaufmännischen Grundsätzen betrieben. Sie führt im Auftrag der beiden Trägerkantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft die vom Gesetzgeber vorgesehenen amtlichen Fahrzeug- und Führerprüfungen durch und erhebt dafür kostendeckende Gebühren.

Aufsichtsorgan der Motorfahrzeug-Prüfstation ist die Paritätische Betriebskommission. Sie konstituiert sich selbst und besteht aus einem Präsidenten, einem Vizepräsidenten und vier Mitgliedern