Die Sonderschule wird auf der Primarstufe in drei Kleinklassen mit 6 bis höchstens 7 Schülerinnen und Schülern pro Klasse geführt. Die Tagesschule Fähre lebt vom grossen Engagement der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter für die Kinder, die Jugendlichen und die Institution. Pädagogisches Handeln steht bei der Arbeit im Vordergrund. Dabei ist das Eingehen auf die Fähigkeiten des Einzelnen besonders gefragt. Da Gruppenprozesse für die Schülerinnen und Schüler der Tagesschule Fähre eines der grössten Probleme darstellen, wird bei der pädagogischen Arbeit Erkenntnissen aus der System- und Kommunikationstheorie besondere Aufmerksamkeit geschenkt. Auf der Primarstufe findet ein Teil des Unterrichts in der Gesamtschule statt, so zum Beispiel der Musik- und der Sportunterricht sowie die jeweiligen Wochenprojekte. Das gibt allen die Möglichkeit, die schulische Arbeit in der grossen Gruppe zu trainieren. Alle Schülerinnen und Schüler der Tagesschule Fähre nehmen am gemeinsamen Mittagessen teil.

Die Sekundarstufe I der Tagesschule Fähre ist eine Sonderschule für Schülerinnen und Schüler mit besonderen Bedürfnissen im Lernen und Verhalten bei normaler Intelligenz. Die Schule wird unter dem Dach der öffentlich-rechtlichen Stiftung Tagesschule Fähre Meilen geführt und ist von der Bildungsdirektion des Kantons Zürich anerkannt.